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Na aprendizagem IBL, o professor, propõe questões, com implicações científicas,  centradas em objectos, organismos, eventos, etc., de acordo com o nível dos  alunos e os conteúdos programáticos das matérias leccionadas (Olson & Loucks-Horsley, 2000).

A educação baseada no inquérito é caracterizada por três etapas distintas e fundamentais: questionamento, construção de argumentos e comunicação dos resultados (Oliveira & Medeiros, 2004).

Na realização das pesquisas os  alunos dão primazia à recolha de evidências  que lhes permitam avaliar as explicações produzidas. De facto, a ciência distingue-se das outras formas de conhecimento, pela utilização da evidência empírica como forma de fundamentação das afirmações sobre o funcionamento do mundo natural.

Os alunos avaliam as suas explicações à luz de explicações alternativas. O professor ajuda os estudantes a clarificar as suas questões e a identificar possíveis explicações que podem ser testadas por investigações cientificas.

No processo de formulação de explicações a partir das evidências os alunos desenvolvem capacidades de análise, classificação, predição, raciocínio crítico e lógico.

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